<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="other" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Neuromuscular Diseases</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Neuromuscular Diseases</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Нервно-мышечные болезни</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2222-8721</issn><issn publication-format="electronic">2413-0443</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">Publishing House ABV Press</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">404</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.17650/2222-8721-2020-10-4-12-26</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL REPORTS</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject></subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Diagnostic utility of exome sequencing for inherited peripheral neuropathies</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Применение экзомного секвенирования для диагностики наследственных моторно-сенсорных нейропатий</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-4905-1303</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Shchagina</surname><given-names>O. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Щагина</surname><given-names>О. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>Ольга Анатольевна Щагина</p><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><email>schagina@dnalab.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-1285-9093</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Ryzhkova</surname><given-names>O. P.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Рыжкова</surname><given-names>О. П.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-5474-4713</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Chukhrova</surname><given-names>A. L.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Чухрова</surname><given-names>А. Л.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-0050-6947</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Milovidova</surname><given-names>T. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Миловидова</surname><given-names>Т. Б.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-8703-7997</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Gundorova</surname><given-names>P.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Гундорова</surname><given-names>П.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-0351-1271</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Mironovich</surname><given-names>O. L.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Миронович</surname><given-names>О. Л.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-8831-1844</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Orlova</surname><given-names>A. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Орлова</surname><given-names>А. А.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3743-094X</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Orlova</surname><given-names>M. D.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Орлова</surname><given-names>М. Д.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-0105-1833</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Poliakov</surname><given-names>A. V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Поляков</surname><given-names>А. В.</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>1 Moskvorech’e St., Moscow 115522</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>115522 Москва, ул. Москворечье, 1</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Research Centre for Medical Genetics</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФГБНУ «Медико-генетический научный центр им. академика Н. П. Бочкова»</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2020-12-29" publication-format="electronic"><day>29</day><month>12</month><year>2020</year></pub-date><volume>10</volume><issue>4</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>12</fpage><lpage>26</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2020-12-29"><day>29</day><month>12</month><year>2020</year></date><date date-type="accepted" iso-8601-date="2020-12-29"><day>29</day><month>12</month><year>2020</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2020, Shchagina O.A., Ryzhkova O.P., Chukhrova A.L., Milovidova T.V., Gundorova P., Mironovich O.L., Orlova A.A., Orlova M.D., Poliakov A.V.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2020, Щагина О.А., Рыжкова О.П., Чухрова А.Л., Миловидова Т.Б., Гундорова П., Миронович О.Л., Орлова А.А., Орлова М.Д., Поляков А.В.</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Shchagina O.A., Ryzhkova O.P., Chukhrova A.L., Milovidova T.V., Gundorova P., Mironovich O.L., Orlova A.A., Orlova M.D., Poliakov A.V.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Щагина О.А., Рыжкова О.П., Чухрова А.Л., Миловидова Т.Б., Гундорова П., Миронович О.Л., Орлова А.А., Орлова М.Д., Поляков А.В.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://nmb.abvpress.ru/jour/article/view/404">https://nmb.abvpress.ru/jour/article/view/404</self-uri><abstract xml:lang="en"><p><bold>Introduction</bold>. Hereditary motor and sensory neuropathies, a highly genetic heterogeneous group of disorders, have a phenotype caused by peripheral nerve damage.</p><p><bold>Purpose of the study</bold> – to assess the extent of genetic heterogeneity of hereditary motor and sensory neuropathies in Russian patients and to evaluate the diagnostic effectiveness of using full-exome research methods to find the genetic cause of hereditary motor and sensory neuropathies.</p><p><bold>Materials and methods</bold>. The material for the study was DNA samples from 51 patients and their family members referred for whole exome sequencing to the DNA-diagnostics laboratory of Research Centre for Medical Genetics in 2017–2019. Methods: whole exome sequencing, Sanger sequencing, restriction fragment length polymorphism.</p><p><bold>Results</bold>. Whole exome sequencing in combination with segregation analysis of the pathogenic variants in families allowed to determine the cause of the disease in 41 % of cases. In another 16 % of cases, candidate genetic variants as a possible cause of the disease were revealed, but additional studies are needed to confirm it. The most frequently mutated gene was MFN2 caused neuropathy in 6 unrelated families. MPZ gene mutations were detected in two families, AARS gene mutations were revealed in another two families, and mutations in GJB1, HINT1, INF2, LRSAM1, LITAF, MME, NEFL, WWOX were detected once. Among the causal variants, mutations in B4GALNT1 caused spastic paraplegia, in COL6A1 led to Bethlem’s congenital muscular dystrophy, and in SYT2 caused congenital myasthenic syndrome indicating difficulties in differential diagnosis of inherited neuromuscular disorders. A PMP22 duplication was detected in 2 families prior to whole exome sequencing.</p><p><bold>Conclusion</bold>. Whole exome sequencing is very important for finding the molecular cause of hereditary motor and sensory neuropathies. In most cases, additional methods should be used to clarify the pathogenicity of variants detected by whole exome sequencing. However, it is necessary to remember that the most common cause of the disease is a large duplication of the region 17p11.2.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p><bold>Введение</bold>. Наследственные моторно-сенсорные нейропатии – обширная генетически-гетерогенная группа наследственных болезней, при которых клинический фенотип обусловлен тем или иным поражением периферических нервов.</p><p><bold>Цель исследования</bold> – оценить размах генетической гетерогенности наследственных моторно-сенсорных нейропатий у российских больных и диагностическую эффективность использования полноэкзомных методов исследования для поиска генетической причины наследственных моторно-сенсорных нейропатий.</p><p><bold>Материалы и методы</bold>. Материалом для исследования послужили образцы ДНК 51 больного и членов их семей, обратившихся за экзомным секвенированием в лабораторию ДНК-диагностики ФГБНУ «Медико-генетический научный центр им. академика Н. П. Бочкова» в 2017–2019 гг. Методы: полноэкзомное секвенирование, секвенирование по Сенгеру, метод анализа полиморфизма длин амплификационных фрагментов.</p><p><bold>Результаты</bold>. Используя экзомное секвенирование в сочетании с анализом сегрегации патогенных вариантов, удалось установить причину болезни в семьях у 41 % пациентов. Еще у 16 % выявлены кандидатные генетические варианты, являющиеся возможной причиной заболевания, однако для подтверждения этого необходимы дополнительные исследования, которые по решению семей не были проведены. Наиболее часто (в 6 неродственных семьях) выявлены мутации гена MFN2, в 2 семьях – гена MPZ, в 2 – AARS, по 1 случаю – GJB1, HINT1, INF2, LRSAM1, LITAF, MME, NEFL, WWOX. Среди причинных вариантов были выявлены мутации генов, отвечающих за спастическую параплегию (B4GALNT1), врожденную мышечную дистрофию Бетлема (COL6A1), миастению (SYT2), что свидетельствует о трудностях дифференциальной диагностики наследственных нервно-мышечных заболеваний. В 2 семьях до проведения полноэкзомного секвенирования (WES) была детектирована дупликация на хромосоме 17.</p><p><bold>Выводы</bold>. Экзомные методы исследования очень важны для поиска молекулярной причины наследственной моторно-сенсорной нейропатии. Для уточнения патогенности вариантов, выявленных при экзомном секвенировании, в большинстве случаев необходимо использовать дополнительные методы. Однако, несмотря на их высокую информативность, следует помнить, что наиболее частой причиной болезни является крупная дупликация региона 17p11.2.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>hereditary motor and sensory neuropathy</kwd><kwd>HMSN</kwd><kwd>Charcot–Marie–Tooth disease</kwd><kwd>CMT</kwd><kwd>whole exome sequencing</kwd><kwd>WES</kwd><kwd>inherited peripheral neuropathy</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>наследственная моторно-сенсорная нейропатия</kwd><kwd>болезнь Шарко–Мари–Тута</kwd><kwd>полноэкзомное секвенирование</kwd><kwd>наследственная периферическая нейропатия</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Barreto L.C.L.S., Oliveira F.S., Nunes P.S. et al. Epidemiologic study of Charcot–Marie–Tooth disease: a systematic review. Neuroepidemiology 2016;46(3):157–65. DOI: 10.1159/000443706. PMID: 26849231.</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Baets J., Timmerman V. Inherited peripheral neuropathies: a myriad of genes and complex phenotypes. Brain 2011;134(6):1587–90. DOI: 10.1093/brain/awr114.</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Drew A.P., Zhu D., Kidambi A. et al. Improved inherited peripheral neuropathy genetic diagnosis by whole-exome sequencing. Mol Genet Genomic Med 2015;3(2):143–54. DOI: 10.1002/mgg3.126. PMID: 25802885.</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Hartley T., Wagner J.D., WarmanChardon J. et al. Whole-exome sequencing is a valuable diagnostic tool for inherited peripheral neuropathies: Outcomes from a cohort of 50 families. Clin Genet 2018;93(2):301–9. DOI: 10.1111/cge.13101. PMID: 28708278.</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Schabhüttl M., Wieland T., Senderek J. et al. Whole-exome sequencing in patients with inherited neuropathies: outcome and challenges. J Neurol 2014;(261):970–82. DOI: 10.1007/s00415-014-7289-8. PMID: 24627108.</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Gonzaga-Jauregui C., Harel T., Gambin T. et al. Exome sequence analysis suggests that genetic burden contributes to phenotypic variability and complex neuropathy. Cell Rep 2015;12(7):1169–83. DOI: 10.1016/j.celrep.2015.07.023. PMID: 26257172.</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Richards S., Aziz N., Bale S. et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med 2015;(17):405–23. DOI: 10.1038/gim.2015.30. PMID: 25741868.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Shchagina O.A., Dadali E.L., Fedotov V.P., Polyakov A.V. The spectrum of mutations in the MFN2 gene in patients with hereditary motor-sensory neuropathy type II A. Medicinskaya genetika = Medical genetics 2006;5(9):21–6. (In Russ.).</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Щагина О.А., Дадали Е.Л., Федотов В.П., Поляков А.В. Спектр мутаций в гене MFN2 у больных наследственной моторно-сенсорной нейропатией II А типа. Медицинская генетика 2006;5(9):21–6.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B9"><label>9.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Dadali E.L., Shchagina O.A., Fedotov V.P. Clinical and genetic features of type IIA motor-sensory neuropathy. Annaly klinicheskoj i eksperimental’noj nevrologii = Annals of Clinical and Experimental Neurology 2007;1(4):10–5. (In Russ.).</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Дадали Е.Л., Щагина О.А., Федотов В.П. Клинико-генетические особенности моторно-сенсорной нейропатии IIА типа. Анналы клинической и экспериментальной неврологии 2007;1(4):10–5.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B10"><label>10.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Milovidova T.B., Dadali E.L., Fedotov V.P. et al. Clinical-genetic correlations in the hereditary motor-sensor neuropathy caused by mutations in the MPZ (P0) gene. Zhurnal nevrologii i psikhiatrii imeni S.S. Korsakova = S.S. Korsakov journal of neurology and psychiatry 2011;111(12):48–55. (In Russ.).</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Миловидова Т.Б., Дадали Е.Л., Федотов В.П. и др. Клинико-генетичекие корреляции при наследственной моторно-сенсорной нейропатии, вызванной мутациями в гене МРZ (P0). Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова 2011;111(12):48–55.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Latour P., Thauvin-Robinet C., BaudeletMéry C. et al. A major determinant for binding and aminoacylation of tRNAAla in cytoplasmic alanyl-trna synthetase is mutated in dominant axonal charcotmarie-tooth disease. Am J Hum Genet 2010;86(1):77–82. DOI: 10.1016/j.ajhg.2009.12.005. PMID: 20045102.</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Shchagina O.A., Milovidova T.B., Murtazina A.F. et al. HINT1 gene pathogenic variants: the most common cause of recessive hereditary motor and sensory neuropathies in Russian patients. Mol Biol Rep 2020;(47):1331–7. DOI: 10.1007/s11033-019-05238-z.</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Dadali E.L., Nikitin S.S., Kurbatov S.A. et al. Clinical and genetic characteristics of autosomal recessive axonal neuropathy with neuromyotonia in Russian patients. Nervno-myshechnye bolezni = Neuromuscular diseases 2017;7(3):47–55. (In Russ.). DOI: 10.17650/2222-8721-2017-7-3-47-55.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Дадали Е.Л., Никитин С.С., Курбатов С.А. и др. Клинико-генетические характеристики аутосомно-рецессивной аксональной нейропатии с нейромиотонией у больных из России. Нервно-мышечные болезни 2017;7(3): 47–55. DOI: 10.17650/2222-8721-2017-7-3-47-55.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list></back></article>
